„Cena dekana FCHPT STU“ sa udeľuje v každom ak. roku najviac 20% absolventom doktorandského štúdia na základe návrhu riaditeľov ústavov. Riaditelia ústavov nominujú absolventov na ocenenie do 60 dní od ukončenia štúdia doktoranda.
Nominovaní absolventi sa posudzujú podľa publikačnej činnosti, osobne prezentovaných prednášok v cudzom jazyku na zahraničných konferenciách, citačných ohlasov, získaných projektov, ocenení získaných v priebehu doktorandského štúdia.