Ústav analytickej chémie má plodnú spoluprácu predovšetkým so všetkými univerzitnými pracoviskami analytickej chémie na Slovensku a v Českej republike. Využíva predovšetkým kontakty s nasledujúcimi domácimi a zahraničnými inštitúciami: Katedra farmaceutickej chémie a Katedra chemickej teórie liečiv FaF UK, Ústav lekárskej chémie, biochémie a klinickej biochémie LF UK, Ústav elektroniky a fotoniky FEI STU, Výskumný ústav vodného hospodárstva v Bratislave, Chemický ústav a Ústav polymérov SAV, Katedra analytickej chémie PrF Karlovej univerzity v Prahe, Katedra chémie a biochémie AF Mendelovej univerzity v Brne, Katedra analytickej chémie Chemickej fakulty Federálnej univerzity v Kazani, Texaská univerzita v Arlingtone, USA, Fakulta prírodných vied Kopernikovej univerzity v Toruni, Laboratórium analytickej chémie Fakulty prírodných vied Aristotelovej univerzity v Tesalonikách, Oddelenie analytickej chémie Chemickej fakulty Národnej univerzity Ivana Franka v Ľvove, Oddelenie environmentálneho inžinierstva Fakulty technických vied Univerzity v Novom Sade, a Oddelenie rozvoja a investícií Vodární a kanalizácií, Nový Sad, Srbsko a ďalšie.
