Ústav sa permanentne podieľa na vedeckých a vedecko-výskumných projektoch národných grantových inštitúcií a na medzinárodných výskumných projektoch EÚ, NATO a ďalších. Výskum je zameraný na vývoj nových analytických postupov a teoretických prístupov, najmä v oblastiach:
- stopová a ultrastopová analýza organických a anorganických látok s využitím predkoncentračných techník v „off-line“ i „on-line“ systémoch,
- enantioselektívne GC a HPLC separácie,
- identifikácia a stanovenie autentifikačných markerov v potravinových komoditách,
- stopová a ultrastopová elektrochemická a spektrofotometrická analýza,
- vývoj biosenzorov pre detekciu interakcií DNA,
- štúdium štruktúry vybraných zlúčenín v spojení s ich vlastnosťami.