Výskumné aktivity Ústavu biotechnológie sa orientujú na:
■ technológiu výroby piva, vína, etanolu a mikrobiálnej biomasy,
■ kvasnú výrobu organických kyselín, tukov, pigmentov a biotransformáciu sacharidov,
■environmentálnu biotechnológiu s dôrazom na mikrobiálny rozklad znečisťujúcich látok (polutantov), bioremediáciu,
■ biokonverziu a biotransformáciu s dôrazom na výrobu vôní a senzoricky aktívnych zlúčenín,
■ biopalivá,
■ proteomiku a enzýmové inžinierstvo,
■ imobilizované produkčné systémy,
■ technológiu rekombinantnej DNA,
■ nadprodukciu sekundárnych metabolitov využívaných vo farmácii a medicíne,
■ medicínske inžinierstvo a bioinžinierstvo, laboratórne procesy „scale up“,
■ biokatalýza.
