Na OEI sa realizuje základný aj aplikovaný výskum. Výskumná činnosť je dlhodobo zameraná najmä na:
- progresívne postupy a technológie čistenia odpadových vôd, úpravy vôd a spracovania kalov a organických materiálov (napr. optimalizácia biologických procesov čistenia odpadových vôd, odstraňovanie dusíka a fosforu, anaeróbne spracovanie kalov, organických materiálov a odpadov, získavanie bioplynu, oxidačné a ďalšie fyzikálno - chemické procesy v čistení a úprave vôd, respirometrické merania, matematické modelovanie a simulovanie procesov čistenia odpadových vôd, anaeróbne čistenie priemyselných a komunálnych odpadových vôd apod.)
- stanovenie, separáciu a odstraňovanie špecifických polutantov životného prostredia (ťažkých kovov, vybraných organických zlúčenín apod.); monitoring mikropolutantov (drogy, liečivá, hormóny, pesticídy), mikroplastov, vírusov (napr. SARS-CoV-2 a jeho variantov)
- využitie nanotechnológií a vývoj nanomateriálov v oblasti čistenia vôd a mikrosenzoriky
- vývoj nových typov senzorov v oblasti diagnostiky špecifických ochorení a nových detekčných postupov v diagnostike ochorení
Bioplynová stanica Hurbanovo a ČOV Martin Vrútky - príklady výskumnej spolupráce OEI s praxou (technologický návrh a optimalizácia prevádzky)