V roku 1919 vznikla na Slovensku Univerzita Komenského v Bratislave, ale iba s troma fakultami: lekárskou, právnickou a filozofickou. Slovensko počas I. ČSR nemalo technické a prírodovedecké vysokoškolské štúdium. Až 4. júna 1937 Národné zhromaždenie schválilo zákon o zriadení vysokej školy technickej v Košiciach. Táto sa musela presťahovať do Prešova, Martina a v r. 1939 do Bratislavy ako Slovenská vysoká škola technická.
História Chemickotechnologickej fakulty sa začala písať v r. 1940. Vládnym nariadením č. 160 Zb. zo dňa 4. júla 1940 vláda Slovenskej republiky nariadila zriadiť od šk. r. 1940/41 odbor Chemickotechnologického inžinierstva (OCHTI). Tento odbor mal v šk. r. 1941/42 päť ústavov: 1. Ústav anorganickej chémie, 2. Ústav organickej chémie, 3. Ustav analytickej chémie, 4. Ústav fyzikálnej chémie, 5. Ústav mineralógie a petrochémie, bol postupne dobudovaný a v šk. r. 1950/51 mal 12 ústavov.
Vládnym nariadením č. 80/1951 Zb. z 2. októbra 1951 bola vytvorená Chemická fakulta SVŠT; k názvu Chemickotechnologická fakulta SVŠT došlo vládnym nariadením č. 5/1965 Zb. s účinnosťou od 1. februára 1965. Zákonom z roku 1991 bola SVŠT 12. apríla 1991 premenovaná na Slovenskú technickú univerzitu (STU).
Jednotlivé ústavy boli rozmiestnené na Mýtnej a Sasinkovej ul., Americkom námestí, vyučovanie v budove na Janskej ul. začalo v šk. r. 1953/54, od r. 1986 sa vyučuje aj v novom pavilóne na Radlinského ulici.
Ústav organickej chémie vznikol začiatkom šk. r. 1941/42. Bol zriadený v budove Štátneho nakladateľstva na Sasinkovej ul. 5 a jeho prvým predsedom bol Prof. Ing. Dr. František Valentín (1892-1966). Prví asistenti na Ústave boli Ing. Dezider Tomkuljak a Ing. Klára Staníková.
Prof. Valentín patril medzi moderných slovenských chemikov, vedcov a pedagógov v oblasti technického a prírodovedeckého školstva. Bol priekopníkom nových prístupov v potravinárskom priemysle. Prof. Valentín zastával funkciu rektora SVŠT (1941-1943), prorektora SVŠT (1943-1945), súčasne v rokoch 1940-1942 funkciu dekana Prírodovedeckej fakulty Slovenskej univerzity. Bol blízkym spolupracovníkom Prof. Votočku a počas jeho pôsobenia na pražskej technike (1925-1938) publikoval viac ako 20 prác z problematiky sacharidov, neskôr na Slovensku 37 prác.
Prof. F. Valentín viedol ústav do r. 1948, v rokoch 1948-1950 boli poverení správou ústavu Prof. RNDr. Ľudovit Krasnec a neskôr Prof. Ing. Dr. Miloš Marko.
Na základe nového vysokoškolského zákona došlo v šk. r. 1950-51 k zriaďovaniu katedier a výnosom Povereníctva školstva vied a umení z 31.10.1950 vznikla Katedra organickej chémie a technológie zlúčením Ústavu organickej chémie, Ústavu chemickej technológie látok organických a Ústavu technológie palív a minerálnych olejov. Jej vedúcim bol menovaný Prof. RNDr. Juraj Gašparík a Ústav organickej chémie, ako súčasť katedry viedol Prof. Dr. M. Marko. Dňa 4.11.1952 schválilo Povereníctvo školstva, vied a umení návrh na rozdelenie Katedry organickej chémie a technológie na dve samostatné katedry, Katedru organickej chémie a Katedru chémie látok organických. Vedením Katedry organickej chémie bol poverený prof. Ing. Dr. Miloš Marko, ktorý bol jej vedúcim do r. 1960. Prof. Marko napísal v r. 1955 prvú slovenskú vysokoškolskú učebnicu "Organická chémia". ďalej bol spoluautorom príručky Základy preparatívnej organickej chémie, ktorá vyšla v roku 1962. Vedecko-výskumná činnosť profesora Marku bola orientovaná na syntézu biologicky účinných látok, napr. zavedenie výroby kyseliny p-aminosalicylovej (PAS-u) v Hlohovci, syntéza glykolesterov kyseliny salicylovej a nitrosalicylovej.
Počas pôsobenia na Chemickotechnologickej fakulte zastával funkciu prodekana (1951-1953), funkciu prorektora SVŠT (1953-1958) a bol členom skúšobnej komisie pre štátne záverečné skúšky na VŠCHT - Pardubice.
Od šk. r. 1960/61 až do r. 1970 bol vedúcim katedry Prof. Ing. K. Antoš, CSc. V priebehu rokov 1960-1970 Prof. Antoš rozvíjal na katedre hlavne problematiku izotiokyanátov. Počas pôsobenia na Chemickotechnologickej fakulte zastával funkciu prodekana (1962-1965).
V rokoch 1970-1989 viedol katedru Prof. Ing. J. Kováč, DrSc. Vedeckovýskumná činnosť katedry v tomto období bola orientovaná na oblasť heterocyklických zlúčenín, prevažne furánových derivátov. Počas pôsobenia na Chemickotechnologickej fakulte zastával funkciu prodekana (1960-1963) a funkciu dekana (1970-1973).
V rokoch 1990-1993 bol vedúcim katedry Prof Ing. Štefan Kováč, DrSc. priekopník používania spektrálnych metód v organickej chémii. Na Slovensku rozvíjal školu infračervenej spektroskopie.
V rokoch1993-2005 bol vedúcim katedry Prof. Ing. Ľubor Fišera, DrSc., ktorý vytvoril na Slovensku školu fotochémie a cykloadičných reakcii heterocyklických zlúčenín.
V roku 2011 bola Chemickotechnologická fakulta premenovaná na Fakultu chemickej a potravinárskej technológie a v roku 2006 došlo k zriadeniu ústavov. Bol zriadený Ústav organickej chémie, katalýzy a petrochémie (riaditeľ prof. Ing. Ľubor Fišera, DrSc: 2006-2013.) a Oddelenie organickej chémie. Vedúcim oddelenia v rokoch 2006-2013 bol prof. Ing. Tibor Gracza, DrSc. Ten v rokoch 2013-2021 pokračoval ako riaditeľ Ústavu organickej chémie, katalýzy a petrochémie. Dlhodobo sa zaoberá stereoselektívnou syntézou prírodných látok a paládiom katalyzovanými reakciami.
Od roku 2013 je vedúcim oddelenia prof. Ing. Štefan Marchalín, DrSc., ktorý sa zaoberá stereoselektívnymi syntézami bioaktívnych analógov indolizidínových a chinolizidínových alkaloidov z aminokyselín. Riaditeľom Ústavu organickej chémie, katalýzy a petrochémie je od roku 2021 prof. Ing. Viktor Milata DrSc., ktorý sa zaoberá chémiou heterocyklických zlúčenín.
