Okrem štandardného a moderného vybavenia pre organickú syntézu (odparky, miešadlá s ohrevom, presné váhy, drobné analytické prístroje) oddelenie disponuje aj viacerými unikátnejšími prístrojmi.
Mikrovlnný reaktor CEM, UV-VIS spektrometer, IČ spektrometer s ATR (Milata):
Stolný NMR Pulsar bez potreby kryokvapalín a s nízkou spotrebou elektriny (Milata):
Preparatívne MPLC Buchi a Isco (5x, Gracza, Jakubec, Berkeš), preparatívny HPLC Varian (Babjak), analytické HPLC Agilent, Varian, Waters, Ecom ai (5x, Berkeš, Jakubec, Babjak), GC Varian (2x, Milata, Babjak), LCMS s APCI+ESI ionizáciou Agilent (Babjak), špičkový drybox (Szolcsányi), veľkoobjemová odparka s funkciou kontinuálnej automatickej destilácie (Szolcsányi), digitálny polarimeter Jasco P-2000 (Szolcsányi). Fotografie sú autentické ale nezobrazujú všetky deklarované zariadenia, mená v zátvorkách sú kontaktné osoby pre daný prístroj:
Prístrojové vybavenie slúži najmä pre výskumné a pedagogické účely oddelenia, ale po dohode je možné aj ich využitie externými výskumníkmi - najmä pri ponuke spoločného výskumu.
