História bývalého Oddelenia organickej technológie sa začína 1. januára 1943, keď v rámci Chemickotechnologickej fakulty začal svoje pôsobenie Ústav chemickej technológie látok organických. V roku 1950 spojením Ústavu organickej chémie a Ústavu chemickej technológie látok organických vznikla Katedra organickej chémie a technológie, ktorá sa o dva roky rozdelila na Katedru organickej chémie a na Katedru organickej technológie. V roku 2006 sa Katedra organickej technológie stala súčasťou ústavu organickej chémie, katalýzy a petrochémie. História katedry je zviazaná s menami jej vedúcich: prof. RNDr. Juraj Gašperík, DrSc. (1943-1960), prof. Ing. Darina Mikulášová, DrSc. (1960-1965 ), prof. Ing. Dr. Mikuláš Hrušovský, DrSc. (1965-1978), prof. Ing. Ján Ilavský, DrSc. (1978-1990), doc. Ing. Alexander Kaszonyi, PhD. (1990- 1991), prof. Ing. Vendelín Macho, DrSc. (1991-1994) doc. Ing. Milan Králik, PhD. (1994-2002), prof. Ing. Alexander Kaszonyi, PhD (2002-2020) a doc. Ing. Milan Králik, PhD. (2020-2022). Ďalej treba pripomenúť prof. Ing. Milana Hronca, DrSc., ktorý výrazne prispel ku kvalite vedeckovýskumnej činnosti katedry, ako i celej FCHPT (v rokoch 1994-2000 dekan fakulty) a k formovaniu súčasného moderného pedagogického profilu oddelenia.
História bývalého Oddelenia technológie ropy a petrochémie je veľmi úzko spojená so vznikom Ústavu palív a minerálnych olejov, ktorý v roku 1951 založil prof. Ing. Mikuláš Zanzotto. Následne bola k 1. januáru 1953 založená Katedra technológie ropy a petrochémie. V tom čase sa budovali prvé prevádzky v novej bratislavskej rafinérii Slovnaft. Vznik a rozvoj katedry je trvalo spojený predovšetkým s osobnosťou prof. Ing. Václava Veselého, DrSc. Bol zakladateľom katedry a viedol ju 23 rokov. Od roku 1976 do roku 1990 bol vedúcim prof. Ing. Jozef Baxa, CSc., od roku 1990 doc. Ing. Zdenek Židek, CSc. a od ruku 2001 do konca existencie oddelenia doc. Ing. Pavol Daučík, CSc.
V rámci ústavu sa bývalá Katedra technológie ropy a petrochémie podieľala na formovaní bakalárskeho, inžinierskeho a doktorandského štúdia a na výskume, ktorý bol zameraný na rozvoj petrochémie a katalýzy. K osobnostiam, ktoré výrazne prispeli k vedeckovýskumnej činnosti oddelenia a k formovaniu súčasného moderného profilu oddelenia, treba zaradiť aj prof. Ing. Martina Bajusa, DrSc., doc. Ing. Jozefa Novanského, CSc., doc. Ing. Štefana Morávka, CSc., doc. Ing. Pavla Daučíka, CSc., doc. Ing. Pavla Hudeca, CSc. a ďalších.
Počas svojej existencie katedry/oddelenia vychovali viac ako 1250 inžinierskych absolventov a vyše 100 z nich absolvovalo vedeckú prípravu, resp. doktorandúru. Absolventi zastávali a zastávajú významné funkcie v podnikoch a v organizáciách chemického priemyslu, na ministerstvách, v zahraničných firmách, ako i posty významných vedeckých pracovníkov a akademických funkcionárov. Bývalá Katedra organickej technológie spolu s Katedrou technológie ropy a petrochémie viac rokov zabezpečovala výučbu v bakalárskom štúdiu a výchovu špecialistov v odbore Organická technológia a petrochémia v inžinierskom a postgraduálnom štúdiu. Od roku 2005 sa začala výchova študentov v rámci študijného programu Chemické technológie na bakalárskom stupni a od roku 2008 aj na inžinierskom stupni vysokoškolského štúdia, kde Oddelenie organickej technológie spolu s Oddelením technológie ropy a petrochémie a s ďalšími oddeleniami technologického zamerania zabezpečovali a zabezpečujú významnú časť výučby. Vďaka intenzívnej spolupráci s praxou a úspešnosti riešení má oddelenie pomerne dobre vybavené laboratóriá, čo je jeden z pilierov kvalitnej prípravy absolventov pre prax. Získané vedomosti umožňujú absolventom nájsť uplatnenie v oblasti organickej technológie, v petrochémii, farmácii, všeobecne prípravy biologicky aktívnych látok, farbív a náterových látok a ďalších chemických špecialít, ako i v potravinárstve, kozmetike a príbuzných oblastiach.