Centrálne laboratóriá sú zamerané na rozvoj a implementáciu špecializovaných metód nukleárnej magnetickej rezonancie (NMR), hmotnostnej spektrometrie (HS) a rontgenovej štruktúrnej analýzy v rôznych oblastiach prírodných vied. Využitie metodík je založené na odbornej spolupráci s riešiteľmi špecifických výskumných úloh z oblasti akademického výskumu ako aj aplikovaného výskumu a priemyselnej praxe. Oddelenie sa podieľa na pedagogickej činnosti ústavov fakulty formou zabezpečovania výučby v oblasti svojej činnosti.
Súčasťou oddelenia sú 4 laboratória:
- Laboratórium NMR spektroskopie
- Laboratórium in-vivo NMR (pracovisko na Kramároch)
- Laboratórium hmotnostnej spektrometrie
- Laboratórium rontgenovej kryštalografie
Vlastná činnosť oddelenia je zameraná na:
- rozvoj a implementácia nových NMR metodík (RDC, DOSY,...),
- riešenie štruktúry a interakcií organických látok,
- štúdium metabolizmu
- in-vivo NMR zobrazovanie a spektroskopia na zvieracích modeloch
- analýza a autenticita potravín a vzoriek životného prostredia
Oddelenie je riadiacim pracoviskom Národného centra NMR (http://www.nmr.sk/)