OEI garantuje a vyučuje v inžinierskom štúdiu študijný program Technológie ochrany životného prostredia (TOŽP). Popritom zabezpečuje výučbu vybraných environmentálnych predmetov aj v rámci ďalších inžinierskych študijných programov.
V rámci garantovaného študijného programu TOŽP získava absolvent informácie nielen zo všeobecných predmetov orientovaných na environmentálnu problematiku (napr. Chémia vody, Chémia atmosféry, Environmentálna mikrobiológia, Odpadové inžnierstvo, Rizikové vlastnosti látok, Environmentalistika a pod.), ale aj zo špeciálnych technologických predmetov (napr. Procesy a technológie čistenia odpadových vôd, Procesy a technológie úpravy vody, Procesy a technológie zhodnocovania odpadov, Technológia ochrany ovzdušia, Technologický projekt a pod.) a multidisciplinárnych predmetov (Zdravotno environmentálne stavby, Strojné zariadenia v environmentálnych technológiách apod.). Študijný program TOŽP vznikol aj na základe požiadaviek praxe, kde je stále intenzívny záujem o absolventov so zameraním na environmentálne technológie. Predovšetkým v oblasti čistenia odpadových vôd a biologických procesov spracovania odpadov patrí OEI k špičkovým pracoviskám, pričom tieto zamerania nie sú ponúkané na žiadnej slovenskej univerzite v takom rozsahu a s takými praktickými a aplikačnými skúsenosťami. Inžinierské štúdium v študijnom programe TOŽP môže v zmysle platných predpisov študovať každý, kto ukončil bakalársky stupeň vzdelania (aj na inej univerzite).
